Gioconda Belli se ha documentado exhaustivamente para la escritura de esta novela, y a pesar de ser una obra de ficción, la autora afirma que los datos que maneja en el texto tienen su asidero en testimonios históricos y documentos de la época, y que su figura de Juana es fiel a la Juana histórica. La novela nos muestra a una mujer joven, con las responsabilidades de una reina, que intentó siempre ser leal a sí misma y a sus amores: a Felipe -su marido y el amor de su vida- y al reino de España, en especial Castilla, territorio por el cual Juana experimentaba un profundo amor y una inquebrantable lealtad. La tragedia fue que estos amores, la mayor parte del tiempo, fueron incompatibles: Felipe y Castilla querían cosas distintas. Con frecuencia, Juana se sintió dividida en su lealtad a su marido y a su padre. Finalmente sería el amor culposo por sus hijos el que la condenaría a la reclusión.

Pero éste es, en realidad, sólo el trasfondo de la novela, cuyos personajes principales, como apuntamos, serían Lucía y Manuel. El problema es que, frente a la fascinación que nos produce la figura de Juana, los personajes ficticios Lucía y Manuel se deslucen completamente. Desde el punto de vista del lenguaje, Belli encuentra el tono preciso de Juana, a la vez calmo y ansioso, visionario y bello. A través de él, vemos pasar en el relato a Felipe y a los padres de Juana -los Reyes Católicos-, quienes revisten un carisma y una fuerza excepcional, aunque no siempre en sentido positivo. Cada uno de los personajes de la Corte, desde los nobles que rodean a Felipe, hasta las damas de compañía y los criados de Juana, cobran vida en el relato de la reina. Inversamente, y de una manera paradojal, las figuras sin demasiados contornos de Manuel y Lucía se van diluyendo. El registro idiomático de ambos es prácticamente idéntico, lo cual sorprendería en la realidad entre un maduro y excéntrico catedrático de historia y una adolescente de secundaria. Lo mismo con respecto a Águeda, la tía de Manuel. A pesar de representar tres generaciones, el diálogo se desarrolla en un tono único y mesurado, monocorde. Así como Juana representaría a una rebelde para su época, Lucía semeja más una niña mimada que se deja llevar por las circunstancias, influída por el puritanismo y la doble moral religiosa en la que Manuel y Águeda, representantes de un estrato social aristocrático y prejuicioso, viven inmersos. Mientras Juana, a pesar de su investidura de reina, está completamente a merced de fuerzas e intereses enfrentados que la superan, Lucía tiene un mundo de posibilidades para sí en cuanto cumpla su mayoría de edad. De posición económica privilegiada y con el apoyo de su tía en Nueva York, su destino está en sus propias manos.

En cuanto a género, la autora define su texto como un homenaje a la novela gótica, lo cual quizás pueda rastrearse en la presencia del caserón de la familia de Manuel al final de la novela. La pista oculta (?) sería el libro que Lucía lee en casa de la tía Agueda: Jane Eyre de Charlotte Bronté. Gioconda Belli dice: "hay claves dentro de la novela que tienen que ver con referencias literarias, una de ellas es Jane Eyre, porque yo también en El Pergamino de la seduccción quería hacer un homenaje a la novela gótica, a las novelas de intriga al estilo de Charlotte Bronté"